Για την καλύτερη λειτουργία του Δικτύου και την υποστήριξη των μελών του,το Δ.Σ. του Δικτύου των ΦοΔΣΑ αποφάσισε την δημιουργία Επιτροπών Εργασίας (Ε.Ε.), οι οποίες απαρτίζονται από εκπροσώπους των Μελών του Δικτύου, με σκοπό τη μελέτη ή εξέταση τεχνικών, οικονομικών, διοικητικών, νομικών και γενικά θεμάτων που εμπίπτουν στις αρμοδιότητες ή αφορούν τους ΦοΔΣΑ, όπως αυτές καθορίζονται και από τη σχετική νομοθεσία.

Το Διοικητικό Συμβούλιο μέχρι τώρα έχει αποφασίσει τη δημιουργία 2 Επιτροπών Εργασίας (Ε.Ε.):

Τεχνική Επιτροπή Δικτύου Φο.Δ.Σ.Α, η οποία ασχολείται με τα αμιγώς τεχνικά θέματα που αφορούν τους ΦοΔΣΑ και είναι 9μελής.
Επιτροπή Γενικών θεμάτων Δικτύου Φο.Δ.Σ.Α, η οποία ασχολείται με τα
διοικητικά – οικονομικά θέματα που αφορούν τους ΦοΔΣΑ και είναι 8μελής.